Heize den Backofen auf 180 °C Ober- und Unterhitze vor. Fette die Auflaufform mit Butter ein.
Schäle die Rote Bete und die Kartoffeln und schneide beides anschließend in dünne Scheiben. Schäle den Knoblauch und hacke ihn fein.
Verteile sowohl die Rote Bete als auch die Kartoffelscheiben abwechselnd in der Auflaufform.
Vermische Sahne, Milch, den gehackten Knoblauch und den Thymian in einem Topf und lasse alles aufkochen, bis die Flüssigkeit etwas eingedickt ist. Würze mit Salz, Pfeffer und Muskatnuss. Gieße die Sahne-Milch-Mischung über die Kartoffeln und die Rote Bete.
Verteile kalte Butterflöckchen auf dem Gratin und streue dann den geriebenen Käse darüber. Backe das Kartoffelgratin mit Rote Bete für 40 Minuten auf mittlerer Schiene, bis der Käse knusprig und gold-braun ist.