Heize den Backofen auf 200 °C Ober- und Unterhitze vor.
Wasche den Blumenkohl, entferne die Blätter sowie den Strunk und teile ihn in kleine Röschen. Wasche den Schnittlauch, hacke ihn und stelle ihn beiseite.
Bringe reichlich leicht gesalzenes Wasser in einem Topf zum Kochen und gare die Nudeln darin nach Packungsangabe al dente. Fange das Wasser beim Abgießen auf. Schöpfe 300 ml ab und stelle es beiseite. Koche im restlichen Nudelwasser den Blumenkohl für ca. 6 Minuten.
Erhitze 1 EL Butter in einem Topf, gib das Mehl hinzu. Füge unter Rühren abwechselnd Milch und das aufgefangene Nudelwasser hinzu. Rühre so lange, bis du eine glatte Soße hast und lass diese dann 3 Minuten auf niedriger Stufe einkochen. Schmecke sie mit Salz, Pfeffer und frisch geriebenem Muskat ab.
Fülle Blumenkohl und Nudeln in eine Auflaufform. Verteile den geriebenen Käse über den Auflauf und backe ihn dann für 15 Minuten auf mittlerer Schiene. Bestreue den Auflauf zum Servieren mit dem Schnittlauch.